Ao longo de sua história, a FMUSP tem estabelecido parcerias estratégicas com diversas entidades estrangeiras nos últimos anos, visando o estreitamento da cooperação científica, a capacitação profissional, o incremento cultural e a promoção da diversidade entre pesquisadores, docentes e discentes. Já em seus primeiros anos de funcionamento, a escola médica contou com docentes oriundos de diversas universidades estrangeiras, como Alfonso Bovero, Émile Brumpt, por exemplo.

Em 1918, a faculdade estabeleceu uma profícua parceria com a Fundação Rockefeller, que assegurou o desenvolvimento infraestrutural, científico e assistencial da instituição. Em 1951, a faculdade foi reconhecida pela American Medical Association como “padrão A”, sendo incluída no rol das melhores escolas médicas do mundo. Além disso, a FMUSP manteve intenso contato com uma série de renomados cientistas, como Albert Sabin, Alexander Fleming, Albert Einstein e Marie Currie, por exemplo.