O GRAPAL foi idealizado em 1968, pelo Prof. Paulo Vaz Arruda, coordenador das disciplinas de Psiquiatria, Psicologia Médica e Psicossomática, durante o transcorrer do Currículo experimental do curso de medicina.
Em 1983, quando foi elaborado projeto de reformulação curricular pela Comissão de Ensino de Graduação da FMUSP, Prof. Paulo Vaz Arruda e Prof. Eduardo Marcondes puderam implementar a ideia da criação de um Serviço cuja finalidade exclusiva fosse a de dar assistência psicológica ao aluno. Foi criado, então, um espaço específico para a realização da assistência psicológica ao aluno, que já ocorria, de maneira informal e incipiente. Ainda em 1983, foi aprovada a criação do GRAPAL pela Congregação da FMUSP.
Três anos depois, em março de 1986, com a contratação de um psiquiatra e uma psicóloga, foram iniciadas as atividades do GRAPAL, com a ajuda do Centro Acadêmico Oswaldo Cruz, que cedeu uma de suas salas, durante os seis primeiros meses de funcionamento, para a realização de entrevistas, atendimentos clínicos e psicoterapêuticos, até que fosse possível conquistar instalações mais adequadas.
O serviço é localizado nas dependências da Faculdade de Medicina da USP, o que favorece o acesso dos alunos e a manutenção da confidencialidade do atendimento, com priorização do sigilo absoluto.
Em 2022 começa o primeiro curso de formação em saúde mental de universitários da área de saúde, como uma opção de aumento do impacto do GRAPAL na formação de profissionais e aumentar a oferta de atendimento qualificado aos alunos.