O Programa de Aperfeiçoamento de Ensino é regulamentado pela Portaria GR 3588, de 10 de maio de 2005, destina-se exclusivamente a alunos de Pós-Graduação matriculados na Universidade de São Paulo nos cursos de mestrado e doutorado.

Seu principal objetivo é aprimorar a formação do pós-graduando para atividade didática de graduação, consiste de uma etapa preliminar obrigatória: Preparação Pedagógica e de uma etapa posterior: Estágio Supervisionado em Docência.

O Estágio Supervisionado em Docência é oferecido semestralmente. Para realizar o estágio no 1º semestre do ano, as inscrições são abertas em outubro. Para o 2º semestre do ano, as inscrições ocorrem em abril.

O estágio deve estar compreendido dentro do semestre vigente, tendo duração de 120 horas presenciais, sendo exigido boletim de frequência mensal segundo o cronograma.

Estágio Supervisionado em Docência do PAE será realizado em uma única disciplina de graduação dos cursos de Fisioterapia, Fonoaudiologia, Medicina ou Terapia Ocupacional, sob supervisão do Docente Responsável. Por determinação da Comissão PAE/FMUSP, o Supervisor poderá se responsabilizar por, no máximo, 3 estagiários no semestre. A disciplina de graduação deve ser de caráter obrigatório na grade curricular, no semestre em referência, exigindo-se como pré-requisito que o(a) pós-graduando(a) já tenha cumprido a disciplina da Etapa de Preparação Pedagógica.

Ao final do estágio, depois de cumpridas as formalidades, ou seja, apresentação de relatório das atividades do estágio, e ficha de avaliação do supervisor(a) da disciplina, e aprovação deste pela Comissão PAE/FMUSP e CPG/FMUSP e pelo menos 70% de frequência nas reuniões, os participantes têm direito a 1(um) crédito pela atividade. Ao ser aprovado o Relatório pela Comissão PAE/USP têm direito a um certificado da atividade.

Caso o aluno esteja cursando a disciplina da Etapa de Preparação Pedagógica no semestre da inscrição do PAE, a matrícula no estágio ficará condicionada à sua aprovação na disciplina.