A construção do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) foi planejada em 1915, como parte do convênio assinado entre o Governo do Estado de São Paulo e a Fundação Rockfeller. Somente em 1938, na Interventoria Federal do Dr. Adhemar Pereira de Barros é que foi iniciada a construção do Hospital das Clínicas. 

O HCFMUSP foi criado pelo Decreto nº 13.192, de 19 de janeiro de 1943, e desde a sua inauguração oficial, em 19 de abril de 1944, tem se consolidado como centro de excelência e referência no campo de ensino, pesquisa e assistência.

Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP)

Inaugurado em 2008, o ICESP produz conhecimento científico e prestar assistência médico-hospitalar voltada à oncologia, de acordo com os princípios definidos pelo Sistema Único de Saúde.

Instituto Central (ICHC)

Inaugurado em 1944, o IC foi o primeiro prédio do HC a ser construído e abriga a maioria das especialidades de clínicas médicas e cirúrgicas. Engloba a Unidade de Emergência Referenciada, com atendimento aos casos de alta complexidade; o Prédio dos Ambulatórios (PAMB), que oferece tratamento a pacientes ambulatoriais e no qual encontram-se o maior centro cirúrgico e a Divisão de Laboratório Central, primeiro laboratório do serviço público do Brasil a receber o certificado ISO 9002.

Instituto do Coração (InCor)

O ICr, inaugurado em 1976, foi preparado para atender crianças e adolescentes com doenças de alta complexidade. Consagrou-se como modelo no país e é reconhecido pelo Ministério da Saúde como Centro de Referência Nacional da Saúde da Criança. Em 2016, passou a chamar-se Instituto da Criança e do Adolescente.

Instituto do Tratamento do Câncer Infantil (ITACI)

Desde 2002, o ITACI, ligado ao ICr HCFMUSP, proporciona tratamento às crianças com câncer e doenças hematológicas. Possui parcerias firmadas com a Fundação Criança e Ação Solidária Contra o Câncer Infantil (ASCCI). 

Instituto de Medicina Física e Reabilitação (IMREA)

O IMREA foi inaugurado, em 1975, para atender pessoas com deficiência física ou doenças potencialmente incapacitantes. Tem como objetivo realizar o programa integral de reabilitação médica, orientar e aconselhar profissionalmente, além de atingir a valorização física e social da reabilitação. Integra a estrutura acadêmica da FMUSP por meio do Departamento de Medicina Legal, Ética Médica, Medicina Social e do Trabalho e também a Rede Lucy Montoro de Reabilitação, desde 2010.

Instituto de Ortopedia e Traumatologia (IOT)

Inaugurado em 1953 para receber os casos de poliomielite anterior aguda, em fase epidêmica na cidade de São Paulo na época, o IOT está entre os maiores hospitais de ortopedia e traumatologia da América Latina e entre os principais centros de pesquisa do Brasil.

Instituto de Psiquiatria (IPq)

Inaugurado em 1952, o IPq é pioneiro na criação de programas e serviços especializados, abrangendo todos os transtornos psiquiátricos, nas diferentes fases da vida. Possui a única unidade de internação do país especializada em crianças, com serviço de neurocirurgia funcional e uma unidade de terapia intensiva, sendo referência brasileira na área.

Instituto de Radiologia (InRad)

O InRad é um centro de excelência nacional e internacional, com pioneirismo tecnológico em diagnóstico por imagem e tratamento oncológico. Foi a primeira instituição da América Latina a aplicar as técnicas de medicina nuclear, e a primeira da América do Sul a dispor de equipamento de braquiterapia de alta taxa de dose.

Hospital Auxiliar de Suzano (HAS)

O HAS atua como retaguarda dos diversos institutos do Sistema FMUSP-HC e presta assistência médico-hospitalar especializada em cuidados a pacientes de longa permanência no HC.

Hospital Auxiliar de Cotoxó (HAC)

Encontra-se em obras para ampliação da sua capacidade instalada, agregando à assistência prestada, modernos recursos de procedimentos diagnósticos e terapêuticos, além de novos espaços dedicados ao ensino e à pesquisa na área da saúde.

Escola de Educação Permanente (EEP)

A EEP é um centro educacional que promove educação para profissionais da saúde e da educação em saúde, e a comunidade geral, nos modelos técnico, em categorias profissionalizantes e de formação inicial continuada; e superior, em áreas de difusão, atualização, aperfeiçoamento, especialização e aprimoramento profissional.

Distrito Inova HC

Um espaço para abrigar startups e laboratórios de testes de serviços de saúde de inovação, em uma moderna estrutura, com um ambiente multidisciplinar, que estimula a cocriação, o desenvolvimento de soluções transformadoras, valida novas tecnologias, produtos e serviços. Além de encorajar a inovação no âmbito do HCFMUSP, administrar a propriedade intelectual produzida, providenciar meios para promover a transferência de conhecimento cientifico, tecnológico e cultural ao setor produtivo público e privado, visando a melhoria da saúde nacional.

Centro de Convenções Rebouças (CCR)

Inaugurado em 1982, o CCR é um espaço de eventos com mais de 10 mil m² de área construída, que tem infraestrutura para receber até 2,3 mil pessoas.

Laboratórios de Investigações Médicas (LIMs)

Após a Reforma Universitária de 1968 (Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional), que agrupou os departamentos de ciências básicas das unidades da Universidade de São Paulo no campus Cidade Universitária, um convênio foi assinado entre o Hospital das Clínicas, que forneceria materiais e recursos humanos, e a FMUSP, que entraria na concessão de espaços físicos. Dessa foram, surgem os Laboratórios de Investigações Médicas, instituídos oficialmente em 1977, com o objetivo de manter a pesquisa básica na Faculdade de Medicina. No total, são 66 Laboratórios de Investigações Médicas, vinculados aos Departamentos da FMUSP, com centena de grupos de pesquisas cadastrados no diretório do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).  Os LIMs possuem como principais propósitos: desenvolver pesquisa científica, padronizar novas técnicas e métodos de diagnósticos, promover a formação de pesquisadores e servir como campo de ensino e treinamento de estudantes e profissionais da saúde.