A Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo possui cinco cursos de graduação: Medicina, Fisioterapia, Fonoaudiologia, Terapia Ocupacional e Física Médica. O curso de Medicina tem 175 vagas anuais e cada um dos cursos de Fisioterapia, Fonoaudiologia e Terapia Ocupacional possui 25 vagas.

O ingresso nos cursos de graduação é feito de duas formas: pelo vestibular, organizado pela Fundação Universitária para o Vestibular (FUVEST), e pelo processo seletivo denominado ENEM-USP. 

A sólida formação oferecida na área das ciências da saúde tem por objetivo graduar profissionais competentes, humanos, éticos e socialmente responsáveis.

Os cinco cursos de graduação da FMUSP têm projetos pedagógicos inovadores, que estimulam a participação ativa dos estudantes. Oferecidos num ambiente dinâmico, os cursos utilizam para a formação profissional o Hospital das Clínicas e seus oito institutos, o Hospital Universitário e diversas unidades do Sistema Único de Saúde (SUS), além dos institutos de Química (IQ-USP), de Ciências Biomédicas (ICB-USP) e de Biologia (IB-USP), localizados no Campus Butantã.

A sede dos cursos de Medicina e de Física Médica é no Campos de Pinheiros e a sede dos cursos de Fisioterapia, Fonoaudiologia e Terapia Ocupacional está localizada no Campus do Butantã, na Cidade Universitária.

A graduação da FMUSP está organizada de acordo com as diretrizes curriculares nacionais e segue padrões internacionais de qualidade. Além das atividades obrigatórias da graduação, os estudantes são estimulados a participar de pesquisas científicas, atividades de cuidado à saúde, projetos de extensão universitária e estágios em instituições de ensino de outros países. 

A infraestrutura da graduação inclui uma Rede de Apoio ao Estudante com vários serviços e programas de suporte ao aluno durante sua trajetória acadêmica.