O Curso de Fonoaudiologia na Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo(FMUSP) teve início em 1958. No período entre 1976 e 1999, houve o reconhecimento da profissão e a criação dos Conselhos Regionais e Federal (9/12/1981, Lei 6.965). Em17/12/1999, em decorrência da estruturação de massa crítica e desenvolvimento da área, como ciências da comunicação humana, o Curso de Fonoaudiologia da FMUSP, junto com os Cursos de Fisioterapia e Terapia Ocupacional, passaram a constituir o Departamento de  Fisioterapia, Fonoaudiologia e Terapia Ocupacional (FOFITO) da FMUSP, localizado no Campus Butantã.

O Curso de Fonoaudiologia objetiva atender às diretrizes internacionais que apontam que um Fonoaudiólogo completo é um profissional ético, competente, reflexivo, que atua com expertise e cientificidade, baseado em evidências. Para tanto, é fundamental formar um fonoaudiólogo geral, apto a atuar de forma competente e crítica nos vários níveis de atenção à saúde. O fonoaudiólogo formado pelo curso de Fonoaudiologia está apto a exercer sua profissão em um Sistema de Saúde integrado, atendendo às necessidades da população em todas as faixas etárias e situações sociais, econômicas e culturais.

Foi implantado, em 2016, o novo currículo de 5 anos para o Curso de Fonoaudiologia na Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) ocorrendo em tempo integral distribuídos em disciplinas teóricas e práticas ao longo de 10 semestres. O curso tem no total 3.810 horas de disciplinas obrigatórias, 870 horas de disciplinas optativas (4 optativas eletivas que envolve práticas supervisionadas e 1 pesquisa para monografia) e 240 horas de atividades acadêmicas complementares. A carga horária total do curso é de 4.680 horas.