A Medicina do Trabalho como especialidade médica surgiu com a revolução Industrial, na Europa, na primeira metade do século XIX, época marcada por um acelerado processo de industrialização que visava a proteção da saúde do trabalhador. Já no Brasil, a especialidade surge oficialmente em 1972 com a publicação da Portaria n° 3237 pelo Ministério do Trabalho (revogada em 1978, tendo em vista a revisão do Capítulo V da Consolidação das Leis do Trabalho (CLT) e a edição da Portaria n°3214) que cria os Serviços Especializados em Segurança e Medicina do Trabalho (SESMT) nas empresas através da Norma Regulamentadora n° 4. 

Entre os profissionais que compõem estes serviços, está o médico com especialização em medicina do trabalho. Durante muito tempo, apenas existiram cursos de especialização em Medicina do Trabalho por instituições de ensino, sob a supervisão da Fundação Jorge Duprat de Figueiredo de Segurança e Medicina do Trabalho (FUNDACENTRO), órgão educativo e de pesquisa do Ministério do Trabalho. Tais cursos tiveram como objetivo atender a demanda de profissionais para cumprir a exigência legal que tornou obrigatória a organização dos SESMT nas empresas, fazendo com que num curto período de tempo fosse preparado um considerável número de médicos capacitados, para implementar a nova legislação. 

Na Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP), a formação do Médico do Trabalho, iniciou-se na década de 1980, sob a forma de Curso de Especialização, com a supervisão do Ministério do Trabalho, vinculado ao Departamento de Medicina Legal, Bioética, Medicina do Trabalho e Medicina Física e Reabilitação. Entretanto, no ano de 2002, através da resolução 1634, o Conselho Federal de Medicina (CFM), a Associação Médica Brasileira (AMB) e a CNRM formaram a Comissão Mista de Especialidades (CME), que reconheceu a Medicina do Trabalho como especialidade médica. 

A partir deste reconhecimento, as instituições de ensino estruturaram os Programas de Residência Médica em Medicina do Trabalho. Os Programas foram organizados de modo que o médico residente cumpra um conjunto de atividades que lhe confira competências específicas para o exercício profissional, conforme orientação da Associação Nacional de Medicina do Trabalho (ANAMT), instituição que representa a especialidade, e serão adotados e inseridos de forma abrangente e inter-relacionada.