A FM realiza em sua sede e nos serviços assistenciais relacionados cursos de especialização, aperfeiçoamento, atualização e difusão. Destacam-se os avanços feitos pela Unidade no que se refere à educação a distância, com atividades que atingem todas as regiões do país. Residência Médica, Curso de Aprimoramento Multiprofissional, Prática Profissionalizante, Complementação Especializada e Programa de Capacitação Profissional para Médicos Estrangeiros são outras modalidades de pós-graduação lato sensu oferecidas no sistema.