A Comissão de Pesquisa é composta por representantes dos 17 departamentos da FMUSP e seus suplentes.
Como forma de melhor integrar as atividades de pesquisa do Sistema FMUSP-HC a Comissão de Pesquisa passou a contar com a participação de membros convidados: coordenadores/ presidentes das comissões científicas dos Institutos do HCFMUSP, do Hospital Universitário, do Centro de Saúde Escola Samuel Barnsley Pessoa, representantes dos professores titulares, professores associados, professores doutores, pesquisadores do LIMs, pesquisadores do Sistema FMUSP-HC e dos alunos de pós-graduação da FMUSP.
A partir de 2017 a Comissão também passou a realizar reuniões conjuntas com a Comissão Científica dos Laboratórios de Investigação Médica (LIMs) do HCFMUSP, bimensalmente.
A Comissão de pesquisa implantou grupos gestores, que contam com a participação de membros de fora da comissão com conhecimentos em problemas específicos. Entre esses grupos destacam-se os de Prêmios, Inovação, Excelência em Pesquisa Médica, Biobanco e Biorrepositório.
A subcomissão de Prêmios já preparou a candidatura a prêmios como os da Fundação Conrado Wessel, Prêmio L’Oreal, Prêmio Peter Muranyi, Prêmio Albert Einstein, Prêmio USP Trajetória pela Inovação . Indicada pela comissão, Claudia Kimie Suemoto venceu a 11a edição do Prêmio L’Oréal Unesco 2016. Em 2018 o indicado Prof. Luiz Fernando Ferraz da Silva conquistou uma vaga no IAP for Health YPL Programme Regional Meeting do M8 Alliance.
A Comissão é apoiada por uma Assessoria Técnica de Pesquisa e Inovação (ATPesqIn), que visa a coordenar e gerenciar a área administrativa de pesquisa, abrangendo, além da Secretaria da Comissão, o Escritório de Inovação e o Escritório de Apoio Institucional ao Pesquisador (EAIP) – que inclui o Ponto de Apoio Fapesp.
Em 2017 a Comissão de Pesquisa, com o apoio da Diretoria Clínica do HC e Diretoria da FMUSP, decidiu transferir para o âmbito da ATPesqIn a operação da Comissão Interna de Biossegurança em Organismos Geneticamente Modificados – CIBio em OGM’s. A área física onde operam esses serviços foi ampliada e reformada com recursos da Fundação Faculdade de Medicina e inaugurada em novembro de 2015.