A pesquisa e a inovação são realizadas em conjunto entre a Faculdade de Medicina e o Hospital das Clínicas, no chamado Sistema FMUSP-HC. Em termos de recursos humanos, além dos 360 docentes, a pesquisa na Faculdade de Medicina é realizada por grande parte dos 900 profissionais do HCFMUSP com título de doutor, sendo que muitos têm um vínculo especial com a FMUSP, de professores colaborador, reconhecido pela Congregação da FMUSP. Há também pesquisadores externos (pesquisador colaborador), estagiários de Pós-doutorado e bolsistas de pesquisa.
Esses pesquisadores estão agrupados em 210 Grupos de Pesquisa do CNPq. Os pesquisadores da FMUSP participam de um ou mais grupos, tanto na USP como em instituições externas. Para buscar um Grupo de Pesquisa consulte o site do CNPq.
