O Escritório de Inovação, em conjunto com a Agência USP de Inovação, é responsável pelas atividades de parceria com empresas, seja para o estabelecimento de convênios e contratos seja para a Transferência de Tecnologia.
Em maio de 2015 foi firmado o primeiro convênio de Pesquisa e Desenvolvimento de produto para a indústria. Em 2017 foi firmado o ARBOBIOS, primeiro convênio de pesquisa e desenvolvimento internacional, em conjunto com o Instituto de Medicina Tropical, com a empresa bioMerieux França, com financiamento pela Fapesp dentro do programa Pite 2.
As empresas interessadas em estabelecer convênio com a FMUSP podem entrar em contato com o Escritório de Inovação.
A Agência USP publicou um folheto explicativo sobre as parcerias com a Universidade:
